天主教在厦门的传播最早可追溯到明末。1575年，奥斯定会马六甲主教马丁·德·拉达和修士加罗氏·马丁由马尼拉取道厦门到福州。同年又取道厦门返回马尼拉，成为最早踏上厦门的天主教宣教士。

　　1631年，多明我会的宣教士高支（意大利人）和郭琦（西班牙人）等11人至厦，开创多明我会教区。公元1654年，马尼拉多明我会传宣教士意大利人利畸（即：李科罗）到厦门宣教。此时，厦门已成为郑成功的抗清基地。郑成功因其家族有天主教信仰背景（其父郑芝龙为天主教徒），因而礼遇利畸，他被郑成功聘为顾问，传授天文和航海知识，并准许他在其辖区内自由宣教。由于当时厦门没有教堂，就租用厦门港郑氏祠堂附近的房子作为弥撒场所。因福音发展很快，信徒增加，旧教堂容纳不下，又择地在曾厝垵建教堂和住房。郑成功收复台湾后，利畸被郑成功任命为特使，携带郑成功致菲律宾总督信件赴吕宋招谕，5月抵马尼拉。7月利畸回到台湾，为当地土人付洗讲道，后又回到厦门。1663年4月8日，利畸又奉郑经之命，携带国书出使马尼拉，受到菲律宾总督的盛礼款待。后利畸带回菲总督致郑经的书信返回厦门。1664年清荷联军攻下厦门时，利畸被荷军送往鸡笼，为城中士兵和土人宣教。

　　公元1661年以后，马尼拉多明我会相继派西班牙人范教士和安教士到厦门传教。公元1683年，清政府开放厦门海禁，宣教士大部分经厦门转往福建各地传教。1704年，教宗格来孟十一世发表禁止中国教徒祭祖祀孔的禁约。1720年，清朝廷针锋相对地发布禁教令，严禁外国宣教士到中国传教。雍正、乾隆、嘉庆、道光四朝也严禁外国宣教士进入中国传教。尽管如此，天主教并未在厦门绝迹，不少多明我会士冒着生命危险秘密潜入厦门宣教。1733年，胡玛窦来到厦门发展信徒。

　　1842年，多明我会士林方济到鼓浪屿宣教，为鸦片战争后最早进入厦门的天主教宣教士。此后，仁爱会宣教士来到厦门。当时曾厝垵教堂已被毁，便在今镇邦路租赁民房作为临时教堂和住所。1858年，福建代牧区主教高君龙派意大利人梁教士来厦门，在今开禾路和典宝路一带填海造地，兴建教堂和住房。1860年，占地9亩多的厦门天主堂建成。1877年，又建成神甫楼和仁慈堂。福建代牧区派意大利人李玛素副主教驻厦门管理福建南部教务，仁慈堂由仁爱会意大利修女管理。1883年，福建代牧区分为南、北两个代牧区。南代牧区管理泉州、漳州、台湾三府和龙岩、永春两州20多个县教务，首任主教为马尼拉多明我会宣教士西班牙人杨德肋，主教座堂设在厦门天主堂。

　　1890年，罗马教廷划福建天主教会为西班牙多明我会的传教区，原福建教区助理主教意大利人李玛素和管理厦门仁慈堂的意大利修女返回意大利和香港。厦门仁慈堂由西班牙多明我会修女接管。1913年，台湾从闽南教区划出，成立监牧区，把闽北教区的兴化府(莆田和仙游两县)划归南代牧区。后来取消南、北之分，改以主教驻地为教区名，称厦门教区。厦门教区主教座堂原设在厦门天主堂，1916年马守仁任厦门教区主教后，在鼓浪屿鹿礁路兴建一座哥特式教堂作为教区主教座堂。

　　1946年，教宗宣布中国教会实行圣统制。厦门教区从此从代牧区升为主教区，首任主教为多明我会西班牙宣教士马守仁。1947年1月，马守仁主教在鼓浪屿天主堂归天家，教区大部分中国教士和各堂口教友代表联名上书教廷驻华代表黎培里，要求转呈教廷，实施“圣统制”，祝圣一位中国教士为厦门教区主教。但教廷仍委派多明我会西班牙宣教士茅中砥为主教。中国教士黄子玉被任命为教区副主教。

　　1949年后，茅中砥等西方宣教士被驱逐回国。1953年9月5日厦门教区的神父、修女、教友代表在厦门聚会选举中国籍神父黄子玉为代理主教。1985年黄子玉被选为教区主教，1986年11月30日在北京祝圣，同年12月7日在鼓浪屿天主堂举行就职典礼。

　　厦门原有5座天主教教堂：厦门天主堂、鼓浪屿天主堂、海沧天主堂、高浦天主堂和同安天主堂。同安天主堂在抗战时停止活动，改作粮仓。海沧天主堂于1955年停止活动，其它3间教堂也一度停止活动。上世纪八十年代后，厦门、鼓浪屿、高浦3间教堂陆续恢复活动。