魏晋以后,道教内部逐渐分化。一部分向上层发展。东晋葛洪总结战国以来神仙方术的理论,在《抱朴子内篇》中，为道教构设了种种修炼成仙方法，并建立一套成仙的理论体系，对道教的发展有较大的影响。他攻讦民间的早期道教，诋毁农民起义，提出以神仙养生为内，儒术应世为外，以神仙方术与儒家的纲常名教相结合；认为道教徒要以儒家的忠孝、仁恕、信义、和顺为本，否则，虽勤于修炼，也不能成仙。以后，上清派、灵宝派等相继出现。道教在上层化的同时，民间仍然流传“通俗道教”。东晋末，孙恩利用民间五斗米道组织起义，后虽遭镇压，但却沉重地打击了东晋王朝的统治。

　　南北朝时，北魏太平真君年间，嵩山道士寇谦之在崇信道教的太武帝支持下，自称奉太上老君意旨，“宣吾新科,清整道教,除去三张（指张陵、张衡、张鲁──引者）伪法，租米钱税，及男女合气之术”，制订乐章诵诫新法,“专以礼度为首，而加之以服食闭练”,“佐国扶命”，辅佐北方太平真君，代张陵为天师，是为北天师道。在南朝宋明帝时(465～471)，则有庐山道士陆修静,“祖述三张,弘衍二葛(指葛玄、葛洪──引者)”，搜罗经诀，尽有上清、灵宝、三皇等派经典，遂“总括三洞”，汇归一流；又依据封建宗法思想和制度，并仿效佛教修持仪式，广制斋戒仪范,以改革五斗米道,“意在王者遵奉”，称为南天师道。道教的教规、仪范经过寇谦之和陆修静修订以后，逐步定型。陶弘景继续吸收儒、释两家思想,充实道教内容；构造道教神仙谱系,叙述道教传授历史，主张三教合流,对以后道教的发展,影响至大。